Pues sobre todo al hecho de que java tira de hilos.

http://stackoverflow.com/questions/2182195/php-comet-with-quercus

Y en plan fuerza bruta Java sí es más rápido que PHP pero pq al compilarse mucho trabajo ya está hecho.
Es decir, no se trata de php vs java sino de interpretado vs “algo menos interpretado”.

Otro tema es que merezca la pena, en una web por ejemplo, el cuello de botella suelen ser las querys.

Un link con un benchmark de tantos:

http://blog.dhananjaynene.com/2008/07/performance-comparison-c-java-python-ruby-jython-jruby-groovy/

A que situaciones te refieres exactamente?? Es que no acabo de verlo…